Sağlıklı beslenme sağlıklı bağırsaklar için en önemli unsurdur. Bağırsaklarımız trilyonlarca mikroorganizmaya ev sahipliği yapan organımızdır.
Bu mikroorganizmaların çoğu faydalı (dost) bakteri türleri olmakla birlikte mantar, maya ve küf türü mikroorganizmalar da bulunmaktadır. Tüm bu mikroorganizmalar bağırsaklarımızda binlerce alt türüyle birlikte bir karışım ve topluluk halinde bulunurlar. Bağırsaklarımızdaki bu mikroorganizma topluluğuna mikrobiyota veya bağırsak florası denir. Her kişinin bağırsaklarındaki mikroorganizma çeşidi ve dağılımı farklı olduğu için herkesin kendine özgü bir bağırsak florası (mikrobiyotası) mevcuttur.

Stres, kötü beslenme, antibiyotik kullanımı, aşırı şeker kullanımı, alerjik gıdaların tüketimi ve bazı kişilerde gluten tüketimi bağırsaklarımızdaki dengeyi bozar. Bozulan dengeler sonucunda bağırsaklarımızda zararlı mikroorganizmalar çoğalır. Zararlı mikroorganizmalar, yediğimiz gıdaları parçalayarak zararlı bileşenler (toksinler) üretirler. Bu toksinler bağışıklık sistemimiz tarafından bir tehdit olarak algılanır. Bu sebeple bağışıklık sistemimiz bağırsak duvarına saldırır ve bağırsak duvarının aşınarak geçirgen bağırsak sendromu ve oto-immün hastalıklara uzanan olaylar silsilesini başlatır.